La fortificazione fu eretta in un'area di rilevante importanza strategica dalla quale si dominava il vasto specchio di mare che si estende dal golfo di Pozzuoli all'acropoli di Cuma, con veduta di Capri, Procida ed Ischia. La natura del promontorio tufaceo a picco sul mare, la presenza di profondi valloni verso l'entroterra costituiti dai crateri detti Fondi di Baia, le opere di difesa - mura, fossati e ponti levatoi - rendevano il castello pressoché inespugnabile. La costruzione fu iniziata dagli Aragonesi nel 1495, nell'imminenza dell'invasione da parte del re di Francia Carlo VIII, unitamente a numerose altre opere di fortificazione nel Regno di Napoli. Per la progettazione del sistema difensivo e delle singole fortezze il re Alfonso II di Aragona chiese ed ottenne dal duca Federico da Montefeltro la consulenza di Francesco di Giorgio Martini, architetto senese affermatosi in quegli anni per l'efficacia delle soluzioni innovative ideate nella tecnica delle costruzioni militari. Il castello di Baia, rientrando in un sistema difensivo territoriale, consentiva di esercitare il controllo del golfo di Pozzuoli, impedendo l'avvicinamento delle flotte nemiche ed evitando il rischio dello sbarco di truppe che avrebbero potuto assalire Napoli con una manovra di aggiramento. In un periodo databile tra il 1538 e il 1550 il viceré spagnolo Pedro di Toledo dispose la radicale ristrutturazione e l'ampliamento della fortezza aragonese con un complesso di opere che conferirono al monumento l'aspetto attuale. L'edificio mantenne la funzione di fortezza militare nel periodo del vicereame spagnolo e del dominio austriaco (1503-1734) e nel corso del successivo regno borbonico (1734-1860). Dopo l'annessione allo Stato sabaudo, fino al 1887, subentrò un periodo di lenta decadenza ed inesorabile abbandono del castello. Nel 1927 1o Stato ne dispose la concessione con diritto di godimento perpetuo al Reale Orfanotrofio Militare. In relazione alla nuova destinazione d'uso, negli anni 1927-30 furono eseguiti lavori di trasformazione che comportarono numerose alterazioni e superfetazioni. L'Orfanotrofio rimase nel castello fino al 1975, anno in cui l'ente fu disciolto. Il complesso è stato fino al 1984 nel possesso della Regione Campania; poi, rientrato nelle disponibilità del demanio statale, fu consegnato alla Soprintendenza Archeologica di Napoli perché vi realizzasse il Museo Archeologico dei Campi Flegrei.
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